中心坚持“政府主导、防治结合、精准施策、社会参与”的基本原则，统筹专家资源，开展政策措施、服务规范研究；开展人才培训、技术评估、业务指导和监督指导；建立完善出生缺陷防治质控体系；组织开展数据收集、整理、分析、上报及相关信息管理工作；组织开展出生缺陷综合防治宣传教育，普及出生缺陷预防科学知识，营造有利于提高出生人口素质的社会氛围，增强全民预防出生缺陷的意识。

省级出生缺陷综合防治管理中心成立有领导小组和技术指导小组，领导小组下设办公室在省妇幼保健院项目办，负责全省的出生缺陷综合防治工作的组织协调、培训宣传、督导考核、信息报送等工作。技术指导小组下设办公室在省妇幼保健院医务科，负责技术指导、督导考核等具体实施。